高昌国职官制度，传世文献记载非常少，仅二十四史中的《高昌传》略有记述。王廷内，置中郎，传宣王令。置令尹—人，“比中夏相国”（《周书·高昌传》），可能兼理高昌郡事，相当于丞们兼京兆尹。令尹之下，分为吏、祠、库、仓、主客、礼、民、兵八部。（孟宪实、宣红《试谯麹氏高昌中央诸曹职掌》认为是吏、库、仓、主客、民、兵、祀、屯田、都官9部，当时称“曹”。）每部置长史一人为正官，司马一人为副官。八部下，置侍郎、校书郎、主簿、从事等官吏，“阶位相次，分掌诸事”；此外还置“省事”，专门负责“导引”。
地方行政方面，高昌国和中原一样，也实行郡县制。随着20世纪新疆出土大量吐鲁番文书，据黄文弼考证，其大城有五，当即五郡，即高昌、田地、交河、蒲昌和天山城。经钱伯泉研究，麹氏高昌有都城一高昌城。郡城3：交河、田地、南平。县城14：横截、永昌、无半、始昌、安乐、安昌、永安、洿林、高宁、宁戎、威神、临川、酒泉、龙泉城。镇戍4：东镇城、笃进、盐城、柳婆城。合计22城。（钱伯泉《高昌国郡县城镇的建置及其地望考实》）王素认为有3府、5郡、22县。（王素《麹氏王国末期三府五郡二十二县考》），侯灿认为，麹氏高昌地方行政分郡、县、城三级，有郡4、县13、城9，不包括王都高昌城，合计为26。（侯灿《麹氏高昌王国郡县考述》）郑炳林认为高昌的地方行政划分为王国、府、郡、县四级，城都是县。唐灭高昌时有3府、5郡、27县。（郑炳林《高昌王国行政地理区划初探》）
《周书·高昌传》记载“诸城各有户曹、水曹、田曹”，每城由国主派遣司马、侍郎相监检校，名为“城令”。